Elnök: Tőkés László, Királyhágómelléki Református Egyházkerület ny. püspöke
A Pro Universitate Partium Alapítvány (PUPA) a Partiumi Keresztény Egyetem alapítója. Létrejöttét az indokolta, hogy az 1999. július 1-én megjelent tanügyi törvény csak alapítványi keretben tette lehetővé, hogy Romániában magyar felsőoktatási intézmények működhessenek. Ezért az 1990-ben a Királyhágómelléki Református Egyházkerület által alapított Sulyok István Református Főiskolát alapítványi egyetemként kellett bejegyeztetni.
1999. szeptember 20-án a Bihar megyei Törvényszék 118/N/1999 számú jogerős végzésében jogi személlyé nyilvánította a Pro Universitate Alapítványt. 1999. október 1-én a PUPA alapító tagjainak közgyűlése kimondta a Partiumi Keresztény Egyetem létrehozását és elrendelte az egyetem ideiglenes működési engedélyének, valamint az akkreditáció megszerzésének érdekében szükséges lépések megtételét. Ugyanezen az ülésen alakult meg az Alapítvány Kuratóriuma, a következő összetétellel: Tőkés László – elnök, Dr. Kovács Béla – alelnök, Tolnay István, Eszenyeiné Dr. Széles Mária, Pálfi József, Szűcs István, Szilágyi Zsolt – tagok.
A PUPA Statútumának 7. szakasza szerint „az Alapítvány célja hozzájárulni a romániai magyar közösség sajátos kultúrájának, oktatásának és tudományosságának terjesztéséhez és fejlődéséhez, a Partiumi Keresztény Egyetem megalapítása által; olyan értelmiségi, szellemi, anyagi, pénzügyi és szociális keret megteremtése, amely a létrehozott felsőoktatási intézményben sokszínű képzést biztosít.”